Все годы своего существования ЕГУ был экспериментальной площадкой для интернационализации и либерализации высшего образования в Беларуси. Болонский процесс, объединивший 40 стран, породил надежды на то, что в Беларуси начнется процесс интеграции в европейское образовательное пространство, и опыт ЕГУ будет востребован другими белорусскими университетами. Короткий период надежд на европейское будущее белорусской высшей школы завершился атакой режима на академические права и свободы, государственной политикой, направленной на самоизоляцию Беларуси от внешнего мира и реставрацию советской системы высшего образования как инструмента политического контроля над студенческой молодежью.
Европейский гуманитарный университет не мог не стать жертвой этой репрессивной политики белорусских властей. Выступая перед студентами в Брестском государственном университете 23 сентября 2004 г., президент Республики Беларусь Александр Лукашенко заявил, что ЕГУ готовил новую национальную элиту, которая должна была бы повести страну на Запад. Европейское будущее Беларуси находится, таким образом, в противоречии с планами президента.
Начиная с января 2004 г., Министерство образования пыталось заставить ректора ЕГУ академика Анатолия Михайлова уйти в отставку для того, чтобы подчинить наш университет самоубийственной для академической корпорации политике самоизоляции и подавления академических свобод. При полной поддержке, выраженной коллективом университета, и после консультаций с зарубежными донорами и партнерами предложение об отставке было отклонено.
Активное давление властей на ЕГУ и его руководителя спровоцировало многочисленные акции протеста, в которых сообщество преподавателей, сотрудников и студентов университета не просто встало на защиту своего ректора, но мужественно защищало миссию университета и фундаментальные ценности академической культуры в целом.
Столкнувшись с сопротивлением университетской корпорации, в качестве стратегии борьбы с университетом власти выбрали административное давление. В течение всего последнего года своего существования в Минске университет подвергался нескончаемым проверкам со стороны различных контролирующих инстанций, однако ни одной комиссии не удалось найти никаких хоть сколько-нибудь серьезных нарушений в работе университета. В мае 2004 г. Министерство образования необоснованно затянуло процесс принятия решения о выдаче ЕГУ новой лицензии на образовательную деятельность, что привело к недельной приостановке работы университета. Однако тогда, благодаря широкой огласке и активной поддержке международной общественности, ЕГУ все-таки удалось добиться выдачи лицензии.
В июле 2004 г., после очередного отказа на требование Министра образования об отставке ректора, Управление делами президента потребовало освободить здание, в котором размещалось большинство учебных и научных подразделений ЕГУ и проводились занятия (позднее хозяйственный суд признал выселение ЕГУ из здания незаконным). Уже через несколько дней, на основании отсутствия у ЕГУ необходимого количества учебных и административных помещений, Министерство образования лишило университет лицензии на ведение образовательной деятельности.
После вынужденного прекращения деятельности университета члены университетской корпорации ЕГУ продолжали подвергаться нападкам со стороны властей, многие студенты и преподаватели столкнулись с притеснениями в государственных вузах, куда они были переведены.
Благодаря солидарности академического сообщества многие студенты получили возможность продолжить обучение в университетах Германии, Франции, России, США, Польши, Чехии и других стран.
Поддержка, которая была оказана университету в целом и его студентам со стороны международных организаций, дала надежду на выживание университета, поддержав высокий авторитет вуза, отказавшегося принять поражение в схватке с режимом.
