После закрытия в Минске в 2004 году, Европейский гуманитарный университет смог возобновить свою деятельность в Литве и осенью 2005 года приступил к реализации программ бакалаврской и магистерской подготовки для студентов из Беларуси. В феврале 2006 года Правительство Литвы предоставило ЕГУ статус литовского университета.
Возрождение ЕГУ в Литве стало возможным благодаря политической, организационной и финансовой поддержке Литовского Правительства, Европейской Комиссии, Совета министров Северных стран, Фонда Макартуров, Корпорации Карнеги (Нью-Йорк), Института «Открытое общество», Американских советов по международному образованию, Фонда «Евразия», а также правительств Бельгии, Германии, Финляндии, Ирландии, Люксембурга, Норвегии, Швеции и США.
