Европейский гуманитарный университет (ЕГУ) заявляет о своей приверженности принципам академических свобод и демократических ценностей человеческого достоинства, терпимости, свободной интеллектуальной деятельности, независимого мышления, открытости, справедливости, творчества, взаимного уважения, прозрачности и честности. Университет стремится к достижению этих ценностей, наряду с реализацией европейских стандартов и практик все 17 лет с момента своего основания в Минске.
Следуя развитию европейских норм и стандартов в области высшего образования и управления, Литва начала соответствующие реформы. В 2008 году Управляющий Совет ЕГУ, состоящий из специалистов, имеющих международное признание в области высшего образования, одобрил пятилетний стратегический план по совершенствованию управления и руководства, повышению эффективности и обеспечению финансовой отчетности. Министр образования Литвы Гинтарас Стяпонавичюс в 2009 году отметил, что ЕГУ является инновационным вузом, в котором нашли воплощение принципы, позже закрепленные в новом Законе об образовании и науке.
В январе 2009 года университет приступил к реорганизации управления и преобразованию учебных программ на основе принципов, сформулированных Управляющим Советом в соответствии с европейскими стандартами, разработанными Ассоциацией европейских университетов в области управления и автономии по академическим и финансовым вопросам, а также вопросам организационной структуры и кадровой политики.
Процесс осуществлялся при полном участии представителей академической общественности. Преподавателям и представителям администрации было предложено представить для обсуждения свои концепции и другие разработки. Дискуссии велись на заседаниях ректората, Сената, академических советов и на специальных семинарах, посвященных трансформации модели высшего образования. Всему академическому сообществу было предложено принять участие в таких семинарах в январе - феврале 2009 года. Те, кто не мог участвовать непосредственно, могли это сделать на интернет-форуме.
Итогом дискуссий в академическом сообществе стало создание предварительной организационной структуры. Одновременно продолжалось обсуждение этих вопросов академической общественностью и их рассмотрение ректором, Сенатом, Управляющим Советом и Генеральной ассамблеей учредителей.
В июне 2009 года впервые избранный демократическим путем Сенат принял к рассмотрению полученные предложения и рекомендации по трансформации бакалаврских образовательных программ, а также поправок в Устав университета. Сенат провел всестороннее обсуждение этих вопросов и создал рабочие группы, задачей которых стала выработка рекомендаций Сената органам управления университетом. Представители Сената были включены в работу Управляющего Совета, а также в процесс принятия решения Генеральной ассамблеей учредителей в части, касающейся внесения поправок в Устав университета, затрагивающих процедуры отбора и назначения руководителей подразделений.
В соответствии с принципами, установленными Управляющим Советом, новым законодательством Литовской Республики в сфере образования, а также статьей 12 Устава ЕГУ, главы департаментов должны следовать европейским принципам и стандартам в области управления и финансов. Для усиления подотчетности кандидаты назначаются ректором на трехлетний срок с ежегодным отчетом. Академические советы и программы могут рекомендовать перспективных кандидатов и принимать активное участие в процессе обсуждения на регулярно проводимых заседаниях Сената, администрации бакалаврской и магистерской школ, программ и интернет-форумах.
